Muzej kroz rad Odjela i zbirki ostvaruje temeljne muzeološke funkcije kao javne ustanove u kulturi. Zbirkama rukovode i upravljaju kustosi koji se bave sakupljanjem muzejske građe, njenom sistematizacijom u okviru odjela, zbirki i drugih fondova, stvaranjem i administracijom muzejske dokumentacije, stručnom i znanstvenom obradom muzejske građe i muzejske dokumentacije, osmišljavanjem i realizacijom izložbenih aktivnosti, korisničkim uvidima i drugim aktivnostima sukladno zakonima, pravilnicima i drugim propisima. U Muzeju se prikupljaju predmeti više znanstvenih disciplina poput arheologije, etnologije, povijesti, a prema potrebi i druga humanistička i prirodoslovna područja.

Muzejski odjeli i zbirke razvrstani su prema srodnosti u:

Arheološki odjel

Etnografski odjel

Povijesne zbirke

Umjetničke zbirke